Для регистрации ООО с НДС достаточно просто подать документы на государственную регистрацию, не прикладывая никаких заявлений о переходе на иную систему налогообложения, поскольку в таком случае вам будет автоматически установлено ОСНО (Общая система налогообложения с уплатой НДС).