1. Невозможность установить факт достижения сторонами соглашения по предмету договора, а также по существенным условиям договора, которые установлены законом. Несогласование существенных условий договора влечет незаключенность договора с соответствующими последствиями.
2. Фактическое выполнение работ без оформленного отдельного договора впоследствии может принести дополнительную нагрузку в части доказывания как факта самой сделки, так и отдельных обязательств в случае возникновения тех или иных споров между сторонами сделки.
3. Отсутствие договора может явиться основанием для отказа в вычете по НДС.
4. В случае разбивки оплаты по условиям сделки, совершенной между сторонами, существует риск неоплаты со стороны контрагента части работ/услуг, или товара, так как они не прописаны в счете.
5. Стоимость оказанных услуг/работ в отсутствие заключенного договора может быть признана неосновательным обогащением (Постановление АС Дальневосточного округа от 17.05.2016 по делу № Ф03-1856/2016).
6. Так как счет сам по себе не предусматривает двустороннего подписания, то возникает риск, что сделка заключена не уполномоченным лицом (подтвердить впоследствии это будет практически невозможно).